清华大学环境科学与工程系源于1928年清华大学设立的土木工程学系卫生工程组。在我国环境工程学科的奠基人――陶葆楷先生的带领下，经过几代人的艰苦奋斗，环境学科逐步发展壮大。
　　1977年建立全国第一个环境工程专业，1984年成立环境工程系，并获博士学位授予权。1988年被评为我国环境工程唯一的重点学科，1991年成为国家教委环境工程专业教学指导委员会主任单位。为适应学科发展，环境系1997年更名为环境科学与工程系。2000年获环境科学与工程一级学科博士学位授予权，2001年蝉联环境工程国家重点学科，成为教育部环境科学与工程教学指导委员会主任单位，2007年两次蝉联环境工程国家重点学科。
　　建系24年来，在教育部、科技部、环境保护部、住房与城乡建设部等有关部委的大力支持下，在校系党委和行政的直接领导下，经过全体师生员工的努力拼搏，环境系在学科发展、人才培养、科学研究、师资队伍、基地建设等方面取得了优秀的业绩，建立了以环境工程、环境科学、环境管理、市政工程、辐射防护与环境保护为重点的学科体系，组建了一支以钱易、顾夏声、郝吉明3位中国工程院院士和陈吉宁常务副校长为学术带头人的高水平师资队伍，建立了“环境模拟与污染控制国家重点联合实验室”、“联合国环境规划署巴塞尔公约亚太地区协调中心”等高水平的开放式研究基地，培养了一大批环境保护工程技术、科学研究和行政管理人才，为一些国家重大环境问题的解决和可持续发展战略的实施提供了技术服务、理论支持和决策支撑，成为我国重要的环境保护高层次人才培养基地和高水平科学研究中心，在我国环境保护领域享有极高的声誉。
　　当前，全系师生员工正面向我国环境保护事业的重大需求，瞄准重要的区域性和全球性环境问题，坚持“工程与科学结合、技术与管理结合”的理念，遵循“创新、务实、开放式、国际化”的模式，培养环境保护领域的“高素质、高层次、复合型、创造性”的拔尖创新人才，组织开展与国家乃至全球环境科学技术发展密切相关的基础性、前瞻性和战略性科技创新研究，为建设成为一个优秀人才辈出、研究水平领先、教研设施先进、管理机制创新的世界一流环境学科而努力奋斗。